Cuando decis "a la hora de recuperar datos" te referis a consultas SELECT o a reparacion de una tabla o indice?
Sip, consultas SELECT, con INSERT o UPDATE el rendimiento es similar.
Otra cosa que podes hacer es habilitar el caché de consultas, esto lo haces desde el achivo de configuración del mysql server.
Por lo general viene habilitado por defecto en los servidores de producción, pero por las dudas chekealo.
SHOW VARIABLES LIKE '%query_cache%'